Dlho pred príchodom Španielov prosperovala na prevažnej väčšine územia Guatemaly a priľahlého regiónu civilizácia Mayov, ale 16. storočie znamenalo úpadok tejto civilizácie, ktorý bol zavŕšený porážkou Mayov Pedrom de Alvaradom v roku 1523 až 1524.
Prvé hlavné mesto kolónie Ciudad Vieja bolo v roku 1542 zničené záplavami a zemetrasením. V roku 1543 bolo preto založené nové hlavné mesto Antigua. Antigua bola zničená dvoma zemetraseniami v roku 1773 a jej pozostatky boli zachované dodnes ako národná pamiatka. Tretie hlavné mesto – Guatemala city bolo založené v roku 1776.
Nezávislosť od Španielska získala Guatemala 15. septembra 1821, na krátku dobu sa potom stala súčasťou Mexickej ríše a potom patrila do federácie nazývanej Spojené provincie Strednej Ameriky. Od polovice 19. storočia do polovice 80-tych rokov minulého storočia prežila Guatemala sériu diktátorov, povstaní (najmä v 60-tych rokoch 20. storočia), prevratov, vojenských vlád a len príležitostných období reprezentatívnej vlády.