Chorvátsko a Slovinsko vyhlásili nezávislosť od Juhoslávie v júni 1991. Na konci septembra 1991 líder Srbskej demokratickej strany a bosniansko – srbský nacionalista Radovan Karadžič vyhlásil v rámci Bosny Srbské autonómne oblasti (SAO). V januári 1992 Karadžič verejne vyhlásil tzv. Republiku srbského národa v Bosne a Hercegovine. 5. 4. 1992 bosniansky parlament vyhlásil nezávislosť, s čím nesúhlasili srbskí zástupcovia, ktorí trvali na zotrvaní Bosny ako federatívnej republiky v rámci Juhoslávie. Bosnianski Srbi podporovaní Belehradom sa snažili vojenskou silou o rozdelenie Bosny podľa etnických hraníc a sformovanie tzv. Veľkého Srbska. V roku 1992 nezávislosť Bosny a Hercegoviny uznali USA a viacero európskych krajín.
V roku 1994 bosnianski moslimovia a Chorváti podpísali dohodu, ktorou bola vytvorená Federácia Bosny a Hercegoviny. Ocitli sa tak spoločne na jednej strane proti bosnianskym Srbom. Na strane bosnianskych moslimov sa vojny zúčastnili islamistickí militanti z Afganistanu, Saudskej Arábie, Alžírska a iných krajín. Chorvátske, bosnianske aj srbské vojská spáchali zločiny proti civilnému obyvateľstvu. Vojna sa skončila na základe Daytonskej mierovej dohody 21. 11. 1995, ktorá vošla formálne do platnosti až jej formálnym podpisom v Paríži 14. 12. 1995. Vytvorila dve entity: Bosniansko – chorvátska federácia Bosny a Hercegoviny a Bosniansko – srbská republika alebo tzv. Republika srpska. Každá z týchto republík má vlastnú vládu, parlament, políciu a iné inštitúcie. Na jej základe bola tiež vytvorená centrálna vláda s rotujúcim predsedníctvom. Vznikol tiež Úrad vysokého reprezentanta, ktorý je najvyššou autoritou štátu a má dozorovať nad implementáciou Daytonských dohôd.
V rokoch 1995 – 1996 NATO vyslalo do Bosny mierové jednotky IFOR. Neskôr boli nahradené menej početnými SFOR. V decembri 2004 boli jednotky SFOR nahradené jednotkami EÚ, tzv. EUFOR. V októbri 2007 sa ich mierová vojenská misia zmenila na policajnú a civilnú, pričom sa počet zredukoval zo 7 000 na 2 500 členov.
Člen Úradu vysokého reprezentanta je zároveň špeciálnym vyslancom EÚ pre Bosnu a Hercegovinu. Jeho úlohou je spolupracovať s občanmi a inštitúciami Bosny a Hercegoviny a medzinárodným spoločenstvom, aby sa krajina stala životaschopnou demokraciou integrovanou v euroatlantických štruktúrach.
V roku 1994 bosnianski moslimovia a Chorváti podpísali dohodu, ktorou bola vytvorená Federácia Bosny a Hercegoviny. Ocitli sa tak spoločne na jednej strane proti bosnianskym Srbom. Na strane bosnianskych moslimov sa vojny zúčastnili islamistickí militanti z Afganistanu, Saudskej Arábie, Alžírska a iných krajín. Chorvátske, bosnianske aj srbské vojská spáchali zločiny proti civilnému obyvateľstvu. Vojna sa skončila na základe Daytonskej mierovej dohody 21. 11. 1995, ktorá vošla formálne do platnosti až jej formálnym podpisom v Paríži 14. 12. 1995. Vytvorila dve entity: Bosniansko – chorvátska federácia Bosny a Hercegoviny a Bosniansko – srbská republika alebo tzv. Republika srpska. Každá z týchto republík má vlastnú vládu, parlament, políciu a iné inštitúcie. Na jej základe bola tiež vytvorená centrálna vláda s rotujúcim predsedníctvom. Vznikol tiež Úrad vysokého reprezentanta, ktorý je najvyššou autoritou štátu a má dozorovať nad implementáciou Daytonských dohôd.