Chorvátsko a Slovinsko vyhlásili nezávislosť od Juhoslávie v júni 1991. Na konci septembra 1991 líder Srbskej demokratickej strany a bosniansko – srbský nacionalista Radovan Karadžič vyhlásil v rámci Bosny Srbské autonómne oblasti (SAO). V januári 1992 Karadžič verejne vyhlásil tzv. Republiku srbského národa v Bosne a Hercegovine. 5. 4. 1992 bosniansky parlament vyhlásil nezávislosť, s čím nesúhlasili srbskí zástupcovia, ktorí trvali na zotrvaní Bosny ako federatívnej republiky v rámci Juhoslávie. Bosnianski Srbi podporovaní Belehradom sa snažili vojenskou silou o rozdelenie Bosny podľa etnických hraníc a sformovanie tzv. Veľkého Srbska. V roku 1992 nezávislosť Bosny a Hercegoviny uznali USA a viacero európskych krajín.
V roku 1994 bosnianski moslimovia a Chorváti podpísali dohodu, ktorou bola vytvorená Federácia Bosny a Hercegoviny. Ocitli sa tak spoločne na jednej strane proti bosnianskym Srbom. Na strane bosnianskych moslimov sa vojny zúčastnili islamistickí militanti z Afganistanu, Saudskej Arábie, Alžírska a iných krajín. Chorvátske, bosnianske aj srbské vojská spáchali zločiny proti civilnému obyvateľstvu. Vojna sa skončila na základe Daytonskej mierovej dohody 21. 11. 1995, ktorá vošla formálne do platnosti až jej formálnym podpisom v Paríži 14. 12. 1995. Vytvorila dve entity: Bosniansko – chorvátska federácia Bosny a Hercegoviny a Bosniansko – srbská republika alebo tzv. Republika srpska. Každá z týchto republík má vlastnú vládu, parlament, políciu a iné inštitúcie. Na jej základe bola tiež vytvorená centrálna vláda s rotujúcim predsedníctvom. Vznikol tiež Úrad vysokého reprezentanta, ktorý je najvyššou autoritou štátu a má dozorovať nad implementáciou Daytonských dohôd.
V rokoch 1995 – 1996 NATO vyslalo do Bosny mierové jednotky IFOR. Neskôr boli nahradené menej početnými SFOR. V decembri 2004 boli jednotky SFOR nahradené jednotkami EÚ, tzv. EUFOR. V októbri 2007 sa ich mierová vojenská misia zmenila na policajnú a civilnú, pričom sa počet zredukoval zo 7 000 na 2 500 členov.
Člen Úradu vysokého reprezentanta je zároveň špeciálnym vyslancom EÚ pre Bosnu a Hercegovinu. Jeho úlohou je spolupracovať s občanmi a inštitúciami Bosny a Hercegoviny a medzinárodným spoločenstvom, aby sa krajina stala životaschopnou demokraciou integrovanou v euroatlantických štruktúrach.
Súčasný konflikt o štatút Kosova sa začal nástupom srbského prezidenta Slobodana Miloševiča v roku 1989. Počas 600-ročného výročia bitky na Kosovom poli Miloševič vyhlásil, že Srbsko sa nikdy nevzdá kontroly nad Kosovom, jeho historickou južnou provinciou s prevažne albánskym obyvateľstvom. Následne bolo Kosovo zbavené autonómie.
Reakcia na seba nenechala dlho čakať a v júli 1990 albánski separatisti vyhlásili nezávislosť Kosova. V júli 1992 sa prezidentom samozvanej republiky Kosovo stal Ibrahim Rugova.
V roku 1998 povstanie albánskych separatistov viedlo k reakcii zo strany srbskej armády, ktorá vykonala rozsiahle masakre etnických Albáncov žijúcich v Kosove. Po neúspešných snahách vyriešiť konflikt diplomatickou cestou a neúspešných mierových rozhovoroch vo Francúzsku 18. – 19. 3. 1999, jednotky NATO uskutočnili 24. 3. 1999 letecké bombardovanie. Tento vojenský zásah trval 78 dní.
V júni 1999 srbská armáda bola donútená stiahnuť sa z Kosova. Následná rezolúcia BR OSN 1244 viedla k vytvoreniu jednotiek NATO (KFOR), ktoré mali v Kosove zaistiť bezpečnosť pre miestne etnické komunity. Zároveň OSN zaviedla dočasnú administratívu pre Kosovo (UNMIK). Tisíce Srbov však opustilo Kosovo zo strachu pred odplatou zo strany Albáncov.
V roku 2001 UNMIK umožnila Kosovu vytvoriť si vlastnú samosprávu, čo následne viedlo k prvým parlamentným voľbám v juhosrbskej provincii. 18. 11. 2001 sa prezidentom Kosova stal opäť Rugova. V rovnakom roku bol Miloševič zatknutý a predvedený pred Medzinárodný tribunál pre zločiny v bývalej Juhoslávii v Haagu. Ešte pred dokončením súdneho procesu Miloševič v roku 2006 zomrel.
V roku 2004 pri etnických nepokojoch medzi albánskym a srbským obyvateľstvom zahynulo 19 ľudí . Medzinárodné spoločenstvo bolo donútené urýchliť vyriešenie tohto konfliktu. Ako sprostredkovateľa pre spoločné rozhovory medzi Srbmi a Albáncami poverila BR OSN v roku 2005 Mahtiho Ahtisaariho.
V apríli 2007 Ahtisaari ako riešenie navrhol nezávislosť juhosrbskej provincie pod dohľadom EÚ. To vyvolalo protest Srbska, ktoré súhlasilo iba s autonómiou. Rusko sa postavilo na stranu Srbska a rozhodlo sa návrh vetovať.
V roku 2008 bývalý veliteľ albánskych ozbrojencov Hašim Tači bol zvolený za ministerského predsedu juhosrbskej provincie. Krátko na to Kosovo vyhlásilo nezávislosť, proti čomu sa srbská vláda jednoznačne postavila.
V roku 1994 bosnianski moslimovia a Chorváti podpísali dohodu, ktorou bola vytvorená Federácia Bosny a Hercegoviny. Ocitli sa tak spoločne na jednej strane proti bosnianskym Srbom. Na strane bosnianskych moslimov sa vojny zúčastnili islamistickí militanti z Afganistanu, Saudskej Arábie, Alžírska a iných krajín. Chorvátske, bosnianske aj srbské vojská spáchali zločiny proti civilnému obyvateľstvu. Vojna sa skončila na základe Daytonskej mierovej dohody 21. 11. 1995, ktorá vošla formálne do platnosti až jej formálnym podpisom v Paríži 14. 12. 1995. Vytvorila dve entity: Bosniansko – chorvátska federácia Bosny a Hercegoviny a Bosniansko – srbská republika alebo tzv. Republika srpska. Každá z týchto republík má vlastnú vládu, parlament, políciu a iné inštitúcie. Na jej základe bola tiež vytvorená centrálna vláda s rotujúcim predsedníctvom. Vznikol tiež Úrad vysokého reprezentanta, ktorý je najvyššou autoritou štátu a má dozorovať nad implementáciou Daytonských dohôd. 
Súčasný konflikt o štatút Kosova sa začal nástupom srbského prezidenta Slobodana Miloševiča v roku 1989. Počas 600-ročného výročia bitky na Kosovom poli Miloševič vyhlásil, že Srbsko sa nikdy nevzdá kontroly nad Kosovom, jeho historickou južnou provinciou s prevažne albánskym obyvateľstvom. Následne bolo Kosovo zbavené autonómie.