Pôvodnými obyvateľmi Japonska boli Ainuovia (bielej rasy), sami Japonci sú považovaní za potomkov ľudí, ktorí sa prisťahovali z pevninskej časti Ázie. Z r. 600 pred n. l. sa zachovali správy o vláde prvého cisára Džimmu. V 5. stor. n.l už väčšinu japonského územia ovládal kmeňový zväz Jamato. Míľnikom v japonských dejinách bol rok 568 n.l. keď bol do krajiny z Číny importovaný budhizmus. Japonci sa s budhizmom zoznámili v období, ktoré je nazývané Asuka. V tých časoch bolo Japonsko pod silným kultúrnym vplyvom Číny, ktorý krajinu poznamenal na niekoľko storočí. V nasledujúcom období nazývanom Nara (710-794) sa v Japonsku postupne vytvoril silný centralizovaný štát, na ktorého čele stála cisárska rodina odvodzujúca svoj pôvod od kmeňového zväzu Jamato. Do konca 9.stor. ovládol cisársky dvor rod Fudžiwara.

Najkľúčovejším aspektom japonských dejín bola vojenská vláda šógunátu, ktorá sa opierala o moc kasty bojovníkov – samurajov. Jej zárodky môžeme hľadať v období „Tridsaťosemročnej vojny“ (774-811) kedy cisár Kammu viedol vojenskú kampaň proti odbojným Ainuom na severovýchode ostrova Honšú. Cisárova ofenzíva spočiatku stroskotávala, keďže jeho jednotkám chýbala dostatočná morálka a disciplína. Z tohto dôvodu sa rozhodol spoľahnúť na mocné rodinné klany, ktoré mu boli lojálne a z ich radov začal regrutovať kvalitných bojovníkov vycvičených pre boj v hornatom teréne. Týmto novým silám mal veliť vojenský veliteľ, ktorému bol pridelený titul „sei-i-tai-šógun“. Po víťazstve nad Ainuami, ktorí boli vyhnaní na ostrov Hokkaidó bola úrad šóguna zrušený. Moc jednotlivých klanov obývajúcich okolie cisárskeho mesta Kjóto však začala postupne narastať na úkor cisárskeho dvora. Mocensky začali nahrádzať dvornú šľachtu a získavali zastúpenia v rôznych cisárskych úradoch. Klany začali medzi sebou súperiť čo vyústilo do občianskej vojny, ktorá prebiehala takmer celé 12.stor. Jej víťazom sa stal Joritomo Minamoto a v roku 1192 si privlastnil zrušený titul šóguna a nastolil v krajine vojenskú vládu. V tomto období vznikli aj základy etického kódu, ktorý neskôr dostal názov bušidó. 

Od tých čias sa z cisára stala len reprezentatívna figúrka. Počas mongolských pokusov o inváziu (roky 1272 a 1281) sa začalo vytvárať japonské národné povedomie, keďže hrozba vonkajšieho nepriateľa prvýkrát prinútila Japoncov, aby sa zomkli. V roku 1543 sa Japonsko dostalo do kontaktu s Európanmi a do krajiny postupne začali prichádzať obchodníci z Portugalska, Španielska a Nizozemska. Krátko na to sa Japonsko opäť ocitlo v stave zúrivej občianskej vojny, v ktorej zvádzali boj o moc najsilnejšie kniežatá (daimjovia). Tento úsek japonských dejín je nazývaný Sengoku jidai resp. „Obdobie bojujúcich štátov“. Najschopnejším z kniežat bol Oda Nobunaga, ktorý do svojej smrti v roku 1582 zjednotil takmer celú krajinu. Nobunagovu prácu dovŕšil jeho generál Hidejoši Tomotomi, ktorý sa v roku 1586 dostal na vrchol moci no neprijal titul šóguna ale namiesto toho sa ustanovil do funkcie kampaku, čiže cisárskeho regenta. V praxi však medzi tým nebol žiadny rozdiel a Hidejoši ako faktický vládca Japonska učinil jeden z najzásadnejších krokov v japonskej histórii – oficiálne kodifikoval bojovníkov (samurajov) slúžiacich jednotlivým kniežatám za samostatnú spoločenskú triedu a v podstate znemožnil, aby sa do nej dostali ľudia z nižších vrstiev. Tento systém bol ešte viac upevnený, keď sa v roku 1603 k moci dostal ďalší bývalý Nobunagov generál Iejasu Tokugawa, ktorý bol zakladateľom posledného šógunátu trvajúceho až do roku 1868. Tokugawa si uzurpoval titul po víťazstve v bitke u Sekigahary, v ktorej porazil Tomotomiho syna Hidejoriho. Následní japonskí panovníci v strachu zo zahraničnej agresie a priveľkého vzostupu kresťanstva vykázali z krajiny všetkých cudzincov a prakticky prerušili kontakty so svetom až na určitú mieru obchodných vzťahov s Čínou a Európou. Obchod však mohol prebiehať len v jednom prístave v Nagasaki.