Honduras a ďalšie stredoamerické kolónie získali nezávislosť od španielska v roku 1821. Krajina bola potom na krátku dobu pričlenená k Mexickej ríši. V roku 1823 Honduras vstúpil do federácie Zjednotené provincie Strednej Ameriky, ktorá sa však čoskoro rozpadla v roku 1838.

 
Hospodárstvo Hondurasu založené na poľnohospodárstve bolo na začiatku 20. storočia ovládané najmä Spojenými štátmi, ktoré tu zakladali banánovníkové plantáže. Počas veľkej hospodárskej krízy a až do roku 1948 v Hondurase autoritatívne vládol Generál Tiburcio Carias Andino.

Po dvoch autoritatívnych vládach a štrajku robotníkov na banánovníkových plantážach v roku 1955 uskutočnila skupina mladých armádnych reformistov prevrat, ktorý do čela Hondurasu postavil dočasnú juntu a umožnil konanie volieb do ústavodarného zhromaždenia v roku 1957. Toto zhromaždenie zvolilo za prezidenta Ramona Villedu Moralesa a samo sa zmenilo na národný legislatívny orgán s 6 ročným volebným obdobím. Počas rokov 1957-1963 v ňom mala prevahu Liberálna strana.

V roku 1963 skupina konzervatívnych dôstojníkov uskutočnila krvavý prevrat pri ktorom zvrhli Villedu, členov Liberálnej strany vyhnali z krajiny a prevzali kontrolu nad štátnou políciou. Ozbrojené zložky od vedením generála Lopeza Arellana vládli potom až do roku 1970. Po hraničnej vojne so Salvadorom z roku 1969, ktorá je známa aj ako „Futbalová vojna“ začala rásť v krajine všeobecná nespokojnosť.
 
V roku 1970 prevzal moc na krátky čas civilný prezident Ramon Cruz z Národnej strany, ale ukázalo sa, že nie je schopný vykonávať vládu. V roku 1972 generál Lopez uskutočnil ďalší prevrat, o ktorom prijal progresívnejšie reformisticky orientované politiky, vrátane pozemkovej reformy, ale jeho režim spadol po korupčných škandáloch z polovice 70-tych rokov.
 
Počas nasledujúcich režimov generála Melgara Castra (1975 – 1978) a generála Paza Garciu (1978 – 1982) bola z väčšej časti vybudovaná dodnes funkčná infraštruktúra a telekomunikačná sieť. Počas tohto obdobia krajina zažívala tiež najrýchlejší hospodársky rast, vďaka väčšiemu medzinárodnému dopytu po produkcií Hondurasu a väčšej dostupnosti zahraničných komerčných pôžičiek.
 
V súvislosti so zvrhnutím Anastasia Somozu v Nikarague v roku 1979 a všeobecnej nestabilite v Salvádore zvolili Hondurasania v roku 1980 ústavodarné zhromaždenie a hlasovali aj vo všeobecných voľbách v roku 1981. Nová ústava Hondurasu bola schválená v roku 1982 a na čelo Hondurasu nastúpila vláda prezidenta Roberta Suaza Cordobu z Liberálnej strany. Počas vážnej hospodárskej recesie sa prezident Suazo spoliehal najmä na pomoc Spojených štátov, ktorá zahŕňala ambiciózne sociálne a ekonomické rozvojové projekty sponzorované Agentúrou Spojených štátov pre medzinárodný rozvoj (USAID).
 
S blížiacimi sa voľbai v roku 1985 schválila Liberálna strana zákon, ktorý dovoľoval, aby mala jedna politická strana viacerých kandidátov na prezidenta. Liberálna strana v týchto voľbách vyhrala, keď jej kandidáti získali 42% hlasov, čím predbehli kandidáta Národnej strany Rafaela Leonarda Callejasa. Jose Azcona Hoyo, kandidát liberálnej strany ktorý získal najviac hlasov sa ujal prezidentského úradu v roku 1986 so schválením armády, čím došlo k prvému pokojnému odovdaniu moci medzi civilnými prezidentmi za obdobie dlhšie jako 30 rokov.
 
O štyri roky neskôr vyhral prezidentské voľby kandidát Národnej strany Rafael Callejas. Počas posledného roku Callejasovej vlády sa prudko zväčšil fiškálny deficit, čo spolu s nespokojnosťou verejnosti s rastúcimi nákladmi na živobytie a rozšírenou vládnou korupciou viedlo voličov v roku 1993 k zvoleniu kandidáta Liberálnej strany Carlosa Roberta Reinu. Prezident Reina sa vo svojom funkčnom období snažil aktívne potláčať korupciu a prenasledoval osoby zodpovedné za porušovanie ľudských práv v 80-tych rokoch. Vytvoril tiež moderný úrad generálneho prokurátora a vyšetrovateľské oddelenia policajných síl, zvýšil civilnú kontrolu nad armádnymi zložkami, preniesol vedenie polície z armády na civilnú správu a obnovil rozpočtovú stabilitu.
 
Po voľbách v roku 1997 sa do prezidentského úradu dostal liberál Carlos Roberto Flores Facusse, ktorý začal s reformným programom honduraskej vlády a hosodárstva s dôrazom na pomoc najchudobnejším vrstvám obyvateľstva, při zachovaní fiškálnej rovnováhy a zlepšení konkurencieschopnosti krajiny.  Flores tiež začal s reformami súdnictva a trestného zákonníka vytvorením protikorupčnej komisie a presadzovaním vytvorenia nového trestného zákonníka založeného na ústnej obžalobe a zákone, ktorý vytváral nezávislý Najvyšší súd. Flores tiež presadil obsadzovanie civilistov na post ministra obrany.
 
V prezidentských voľbách v roku 2001 vyhral Ricardo Maduro Joest z Národnej strany, ktorý po inaugurácií začal s bojom proti vysokej úrovni kriminality v krajine a problémom s gangami. Maduro bol silným podporovateľom svetovej vojny proti terorizmu a 370 členná jedotka Honduraskej armády sa pripojila ku koalícií vedenej Spojenými štátmi v Iraku. Pod vedením prezidenta Madura Honduras vyjednal a ratifikoval Zmluvu o zóne voľného obchodu stredoamerických krajín (CEFTA). 27. novembra 2005 bol v prezidentských voľbách zvolený Jose Manuel „Mel“ Zelaya Rosales z Liberálnej strany. Hlavnými bodmy Zelayovej prezidentskej kampane bola „občianska sila“, zvyšovanie transparentnosti a boj proti pašovaniu drog