Dlho pred príchodom Španielov prosperovala na prevažnej väčšine územia Guatemaly a priľahlého regiónu civilizácia Mayov, ale 16. storočie znamenalo úpadok tejto civilizácie, ktorý bol zavŕšený porážkou Mayov Pedrom de Alvaradom v roku 1523 až 1524.
 
Prvé hlavné mesto kolónie Ciudad Vieja bolo v roku 1542 zničené záplavami a zemetrasením. V roku 1543 bolo preto založené nové hlavné mesto Antigua. Antigua bola zničená dvoma zemetraseniami v roku 1773 a jej pozostatky boli zachované dodnes ako národná pamiatka. Tretie hlavné mesto – Guatemala city bolo založené v roku 1776.
 
Nezávislosť od Španielska získala Guatemala  15. septembra 1821, na krátku dobu sa potom stala súčasťou Mexickej ríše a potom patrila do federácie nazývanej Spojené provincie Strednej Ameriky.  Od polovice 19. storočia do polovice 80-tych rokov minulého storočia prežila Guatemala sériu diktátorov, povstaní (najmä v 60-tych rokoch 20. storočia), prevratov, vojenských vlád a len príležitostných období reprezentatívnej vlády.

V roku 1944 bola „Októbrovými revolucionármi“ (October Revolutionaires) zvrhnutá diktatúra generála Jorge Ubica. V roku 1945 bol zvolený za prezidenta civilista Juan Jose Arevalo a úrad prezidenta zastával do roku 1951. S realizáciou sociálnych reforiem, ktoré začal Arevalo, pokračoval aj jeho nástupca plukovník Jacobo Arbenz. V roku 1952 dovolil Arbenz, aby komunisticky orientovaná Guatemalská strana práce získala legálny štatút. Keď v roku 1954 napadla krajinu z Hondurasu Spojenými štátmi podporovaná vojenská skupina vedená plukovníkom Carlosom Castillom Armasom, odmietla guatemalská armáda brániť vládu tú Aramas čoskoro prebral. Po vražde Castilia Aramasa sa k moci v roku 1958 dostal generál Miguel Ydigoras Fuentes.

Ako odpoveď na stále sa zhoršujúcu autokratickú vládu Ydigorasa Fuentesa revoltovala v roku 1960 skupina nižších dôstojníkov. Po neúspechu tejto revolty sa niektorí skryli a nadviazali tesné kontakty s Kubou. Táto skupina sa stala základom ozbrojených jednotiek, ktoré bojovali s vládou ďalších 36 rokov. Prevažne ľavicovo orientované skupiny Guerillová armáda chudobných (EGP), Revolučná ozbrojenecká organizácia (ORPA), Povstalecké ozbrojené sily (FAR) a Guatemalská strana práce (PGT) v tomto období vykonávali ekonomickú sabotáž, pričom sa v ozbrojených útokoch sústredili na vládne zariadenia a príslušníkov vládnych ozbrojených síl.  V roku 1982 sa tieto organizácie spojili do Guatemalskej národnej revolučnej jednoty (URNG).

Krátko po tom, ako do prezidentského úradu v roku 1966 nastúpil Julio Cesar Mendez Montenegro začala armáda s rozsiahlou ofenzívou namierenou proti povstalcom, ktorá výrazne podlomila silu guerilových hnutí na vidieku. Ozbrojenci potom sústredili svoje útoky v hlavnom meste Guatemala City, kde zavraždili množstvo vedúcich predstaviteľov, vrátane ambasádora Spojených štátov Johna Gordona Meina. V období medzi rokmi 1966 a 1982 prevládali v Guatemale armádou kontrolované vlády.

23. marca 1982 armádne jednotky pod vedením nižších dôstojníkov uskutočnili prevrat, aby zabránili generálovi Angelovi Anibali Guevarovi, vyvolencovi odstupujúceho prezidenta generála Romea Lucas Garciu, v násupe k moci. Velitelia prevratu vyhlásili Guevarovo volebné víťazstvo za podvod a vyzvali generála na dôchodku Efraina Rios Montta, aby vyjednal odchod Lucasa a Guevaru. Rios Montt vytvoril trojčlennú vojenskú juntu, ktorá anulovala ústavu z roku 1965, rozpustila Kongres, zakázala politické strany a zrušila volebné právo. Po niekoľkých mesiacoch Rios Montt prepustil svojich kolegov v junte a prevzal titul „Prezident republiky.“ Riosa Montta kritizovali najmä guerillové jednotky a ich ľavicoví spojenci. Rios Montt ich chcel preto poraziť vojenskými akciami a ekonomickými reformami, ako sám povedal „puškami a fazuľou.“ 

Vláda začala s vytváraním miestnych civilných obranných hliadok (domobrana – PAC). Účasť bola teoreticky dobrovoľná, ale v skutočnosti nemalo mnoho Guatemalčanov, najmä na domorodcami obývanom severozápade inú možnosť ako pripojiť sa buď k PAC, alebo ku guerillám. Armáda Montta a PAC po čase obsadila celé územie kontrolované predtým guerillami – pričom sa aktivity gueríl výrazne znížili a obmedzovali sa prevažne na bleskové operácie. Toto čiastočné víťazstvo Montta však bolo vykúpené obrovskými stratami na ľudských životoch – išlo o najnásilnejšie obdobie v 36 ročnom vnútroštátnom konflikte, pričom o život prišlo približne 200,000 prevažne neozbrojených domorodých civilistov.

8.augusta bol Rios Montt zvrhnutý vlastným ministrom obrany generálom Oscarom Humbertom Mejia Victoresom, ktorý ho v podstate nahradil na poste prezidenta Guatemaly. Rios Montt založil v ďalších rokoch politickú stranu (Front guatemalskej republiky) a v rokoch 1995 a 2000 bol zvolený za prezidenta Kongresu. General Mejia umožnil riadený návrat k demokracií, začínajúc vo voľbách do Ústavodarného zhromaždenia 1. júla 1984, ktoré malo navrhnúť demokratickú ústavu. Ústavodarné zhromaždenie skončilo prácu na ústave 30 mája 1985 a ústava vstúpila okamžite do platnosti. Prezidentom sa v prvých voľbách konaných pod novou ústavou stal Vincio Cerezo a do úradu nastúpil 14. januára 1986.

Po inaugurácií vláda prezidenta Cereza oznámila, že jej vrchnými prioritami bude ukončenie politických násilností a zavedenie vlády práva. Reformy obsahovali aj zavedenie práv habeas corpus a amparo (súdom pridelená ochrana), vytvorenie legislatívneho výboru pre ľudské práva, a v roku 1987 vytvorenie úradu Ombudsmana pre ľudské práva. Posledné 2 roky Cerezovej vlády boli poznamenané klesajúcou výkonnosťou ekonomiky, štrajkami, protestnými pochodmi a obvineniami z korupcie. Jeho nástupcom v prezidentskom úrade bol Jorge Serrano, ktorý na začiatku vlády dostal armádu pod civilnú správu, presviedčal armádnych predstaviteľov aby začali mierové vyjednávania s Guatemalskou revolučnou národnou jednotou (URNG), uznal nezávislosť Belize a jeho vláde sa podarilo zvrátiť negatívny hospodársky vývoj znížením inflácie a zvýšením reálneho rastu.

25. mája 1993 Serrano protiústavne rozpustil Kongres a Najvyšší súdny dvor a pokúsil sa obmedziť občianske slobody údajne ako súčasť boja proti korupcií. „Autogolpe“ (hlavou štátu organizovaný prevrat) zlyhal vďaka jednotným silným protestom prevažnej časti guatemalskej spoločnosti, tlaku medzinárodného spoločenstva a rozhodnutiami Ústavného súdu podporovaného armádou proti tomuto prevratu. Serrano ušiel z krajiny a namiesto neho bol do úradu prezidenta Kongresom zvolený Ombudsman pre ľudské práva Ramiro De Leon Carpio. De Leon, ktorý nebol členom žiadnej politickej strany a opieral sa len o rozsiahlu ľudovú podporu. De Leon po nástupe do úradu spustil ambicióznu protikorupčnú kampaň na „očistu“ Kongresu a Najvyššieho súdneho dvora, pričom požadoval rezignáciu všetkých členov obidvoch orgánov.

Napriek veľkému odporu Kongresu viedol tlak prezidenta a občanov v novembri 1993 k dohode medzi Kongresom a vládou, ktorá znamenala presadenie ústavných reforiem a v auguste 1994 boli zvolení noví členovia Kongresu.

Za De Leona sa opäť rozbehol aj mierový proces, tentoraz za sprostredkovania OSN. Vláda a Guatemalská revolučná národná jednota popísali zmluvy o ľudských právach (marec 1994) o návrate vysídlených osôb (jún 1994), o objasnení historických faktov (jún 1994) a o právach domorodých obyvateľov (marec 1995). Dosiahli tiež významný pokrok na socioekonomickej a poľnohospodárskej dohode. V novembri 1995 sa konali prezidentské voľby a voľby do Kongresu a miestnych zastupiteľstiev. V druhom kole prezidentských volieb vyhral kandidát Národnej strany pokroku (PAN) Alvaro Arzu nad Alfonsom Portillom z Guatemalského republikánskeho frontu (FRG). Za Alvara Arzu dokončila jeho vláda mierové rokovania a v decembri 1996 bol podpísaný mier, ktorý zakončil 36-ročný vnútorný konflikt.

V roku 1999 sa stal prezidentom Alfonso Portillo z FRG, ktorý vo volebnej kampani predstavil ambiciózny reformný program, ktorého napĺňanie však postupovalo veľmi miernym tempom s výnimkou reforiem sponzorovaných Svetovou bankou namierených na modernizáciu bankovej regulácie a kriminalizáciu prania špinavých peňazí. V súčasnosti úradujúci prezident Oscar Berger Perdomo zo strany Veľkej národnej koalície (GANA) získal svoju funkciu vo voľbách v novembri 2003. Vo svojom volebnom období sa pokúšal vyriešiť problémy Guatemaly, ktoré boli akútne už na začiatku 90-tych rokov: vysokú mieru kriminality, rozšírenie korupcie vo verejnom sektore a časté násilné zastrašovanie a vydieranie aktivistov za ľudské práva, právnikov, novinárov a svedkov v prípadoch týkajúcich sa ľudských práv.