Po 11.septembri 2001 v rámci celosvetovej kampane boja proti terorizmu, zahájili Spojené štáty a Veľká Británia 7. októbra 2001 operáciu Trvalá sloboda. Išlo predovšetkým o letecké bombardovanie Afganistanu za účelom zničenia výcvikových táborov teroristov a vojenských zariadení Talibanu. O dva týždne neskôr zahájili americké špeciálne jednotky aj pozemné akcie na území krajiny.
Súčasne s týmito akciami spojencov „vojny proti terorizmu“ zahájila aj Severná aliancia svoj rýchly postup na juh a 13. novembra 2001 vstúpila do Kábulu. Nasledujúci mesiac spolu s americkými výsadkármi dobyli najväčšiu základňu Talibanu v jaskynnom systéme Tora Bora neďaleko pakistanských hraníc24. Nečakane rýchlu porážku Talibanu spôsobilo nielen intenzívne letecké bombardovanie medzinárodnými silami, ale v nemalej miere taktiež odstavenie umarovej vlády od väčšiny finančných a materiálnych zdrojov. Medzi rozhodujúce faktory môžeme priradiť bezpochyby aj stratu dôvery jednotlivých kmeňových vodcov, hromadné dezercie či v Afganistane obvyklé prebiehanie bojovníkov na víťaziacu stranu.
Vzniknuté mocenské vákum bolo treba čo najrýchlejšie zaplniť. OSN preto na prelome novembra a decembra 2001 pozvala do Bonnu zástupcov väčšiny protitalibanských síl k rozhovorom o mierovom usporiadaní Afganistanu. Po obtiažnych rokovaniach vznikla dohoda o ustanovení dočasnej vlády širokej jednoty, ktorá zahájila činnosť 22. decembra 2001. Mala tridsať členov pochádzajúcich zo všetkých hlavných frakcií afgánskej opozície a na jej čelo bol vymenovaný na obdobie šiestich mesiacov uznávaný paštúnsky vodca Hamid Karzaj.
OSN taktiež v januári 2002 vypracovala zoznam všeobecne vážených osôb, ktoré mali v júni 2002 zvolať zasadnutie najvyššej kmeňovej rady, Veľkej džirgy (Loja džirga) - tradičného Národného zhromaždenia, z jednania ktorého mala vzísť dočasná afgánska vláda. Veľkú džirgu formálne zvolal bývalý afgánsky kráľ Mohammed Záhir Šach, ktorý sa po 29 rokoch vyhnanstva vrátil späť do vlasti aby pomohol zjednotiť ťažko skúšanú krajinu. Džirga potvrdila dočasnú vládu, ktorá mala zostať pri moci dva roky a zvolila prezidenta, ktorým sa stal dovtedajší predseda vlády, H. Karzaj. Pretože bolo zrejmé, že nová afgánska vláda nebude sama stačiť na to, aby zaistila vlastnými silami bezpečnosť a poriadok, bol súčasťou bonnskej dohody aj plán na vyslanie Medzinárodných bezpečnostných a asistenčných síl ISAF (International Security Assistance Force). Svoje ozbrojené jednotky do nich vyslali predovšetkým USA a Veľká Británia, ale taktiež Nemecko, Francúzsko, Taliansko a mnohé ďalšie25. Očakávaný mier však nenastal.
Ohniská odporu islamských extrémistov aj napriek intenzívnemu úsiliu medzinárodných síl neboli v plnej miere zlikvidované a v pohraničných oblastiach sa pohybovali tisíce bojovníkov Talibanu a Al-Kájdy. Taktiež aj niektorí kmeňoví náčelníci autoritu ústrednej vlády neuznali a snažili sa o udržanie vlastnej moci na svojich územiach. Aj keď sa situácia v roku 2002 po vytvorení dočasnej vlády zlepšila, na jar 2003 sa pod vplyvom vojny v Iraku opäť zhoršuje. Povstalecké jednotky porazeného Talibanu a oddiely Gulbuddína Hekmatjára získali rozsiahle územia a ich členovia úspešne unikali medzinárodným silám. Na afgánsko-pakistanskej hranici sa upevňujú početné ohniská odporu, čo samozrejme podstatne sťažovalo úsilie medzinárodných jednotiek o mierový proces. K nepokojom prispievali i náčelníci niektorých paštúnskych kmeňov, ktorí čoraz viac sympatizovali s prevažne paštúnskym Talibanom a netajili svoj odpor k víťaznej tadžicko-uzbeckej Severnej aliancii i medzinárodným silám.
3.2 Nová ústava a parlamentné voľby Hlavnou výzvou pre Afganistan bolo v roku 2004 ukončenie prvej a najzásadnejšej etapy demokratickej transformácie. V konkrétnych podmienkach to znamenalo predovšetkým uskutočnenie prvých slobodných parlamentných a prezidentských volieb v histórii krajiny (ktoré boli logickým vyústením prijatia novej ústavy), ale i celkovú stabilizáciu ekonomickej a bezpečnostnej situácie. Koncom roka 2003 bola znova zvolaná Veľká džirga aby prejednala návrh novej afgánskej ústavy. Rokovania, trvajúce niekoľko týždňov, boli úspešné a 4.januára 2004 bola schválená nová ústava, ktorá po podpise prezidenta vstúpila do platnosti26.
Na základe nej sa Afganistan stáva Islamskou republikou, islam je ako štátne náboženstvo nedotknuteľný a prezident získava rozsiahle právomoci. Ústava postavila na právny základ najvyšší zastupiteľský zbor, ktorým je v duchu afgánskych tradícií Veľká džirga a ktorá má právo na zmenu ústavy, odvolávanie prezidenta, rozhodovania o otázkach nezávislosti, národnej zvrchovanosti, územnej celistvosti apod. Za vlastný zákonodarný orgán ústava stanovila dvojkomorový parlament, ktorý tvorí horná komora (Senát alebo Rada starších) a dolná komora (Snemovňa ľudu). Predstaviteľkou výkonnej moci sa stala vláda pozostávajúca z 27 členov. Asi najdôležitejším opatrením novej ústavy bolo zriadenie nezávislých svetských súdov. Súdna moc bola vyňatá z jurisdikcie muslimských teológov a zverená sekulárnym právnym inštitúciám. Najvyšším nezávislým súdnym orgánom sa stal Najvyšší súd, ktorý má deväť sudcov schválených Snemovňou ľudu a menovaných prezidentom. Na nižších úrovniach pôsobia provinčné súdy a vrchný súd27.
Aby boli demokratické inštitúcie úplné, zostávalo podľa ústavy ešte uskutočniť slobodné parlamentné voľby. Tie sa mali uskutočniť prvýkrát po 35 rokoch, čo bolo pre väčšinu Afgáncov veľké nóvum a aj preto bolo vynaložené veľké úsilie i prostriedky do osvety a zoznámenia sa s demokratickými inštitúciami. Aj napriek mnohým prekážkam zo strany Talibanu sa voľby nakoniec uskutočnili podľa plánu 18.septembra 2005. Zúčastnilo sa približne 6,4 milióna voličov, čím bola mierne prekročená 50% hranica. Hlasovanie sa síce stretlo s viacerými problémami (najmä etapa sčítavania hlasov) ale skončilo úspešne a zahraniční pozorovatelia ho uznali regulérnym a výsledky boli v polovici novembra vyhlásené za platné. O mesiac neskôr sa konalo prvé zasadnutie parlamentu po viac ako tridsiatich rokoch. Úspešné uskutočnenie parlamentných volieb i ustanovenie a etablovanie ostatných prvkov štátnej administratívy nepochybne znamenalo prvý úspešný krok na dlhej ceste k stabilnému Afganistanu.
Vzniknuté mocenské vákum bolo treba čo najrýchlejšie zaplniť. OSN preto na prelome novembra a decembra 2001 pozvala do Bonnu zástupcov väčšiny protitalibanských síl k rozhovorom o mierovom usporiadaní Afganistanu. Po obtiažnych rokovaniach vznikla dohoda o ustanovení dočasnej vlády širokej jednoty, ktorá zahájila činnosť 22. decembra 2001. Mala tridsať členov pochádzajúcich zo všetkých hlavných frakcií afgánskej opozície a na jej čelo bol vymenovaný na obdobie šiestich mesiacov uznávaný paštúnsky vodca Hamid Karzaj.
Na základe nej sa Afganistan stáva Islamskou republikou, islam je ako štátne náboženstvo nedotknuteľný a prezident získava rozsiahle právomoci. Ústava postavila na právny základ najvyšší zastupiteľský zbor, ktorým je v duchu afgánskych tradícií Veľká džirga a ktorá má právo na zmenu ústavy, odvolávanie prezidenta, rozhodovania o otázkach nezávislosti, národnej zvrchovanosti, územnej celistvosti apod. Za vlastný zákonodarný orgán ústava stanovila dvojkomorový parlament, ktorý tvorí horná komora (Senát alebo Rada starších) a dolná komora (Snemovňa ľudu). Predstaviteľkou výkonnej moci sa stala vláda pozostávajúca z 27 členov. Asi najdôležitejším opatrením novej ústavy bolo zriadenie nezávislých svetských súdov. Súdna moc bola vyňatá z jurisdikcie muslimských teológov a zverená sekulárnym právnym inštitúciám. Najvyšším nezávislým súdnym orgánom sa stal Najvyšší súd, ktorý má deväť sudcov schválených Snemovňou ľudu a menovaných prezidentom. Na nižších úrovniach pôsobia provinčné súdy a vrchný súd27.