Napriek tomu, že územie toho čo dnes poznáme ako Nigéria bolo obývané už pred takmer 11 000 rokmi, prvé štátne útvary na tomto území vznikali až od 8. storočia. Boli to najmä hautské štáty, ďalej ríša Kanem-Born, ktorá vznikla niekde na území dnešného juhovýchodného Čadu a ktorá profitovala najmä z obchodných ciest do severnej Afriky a údolia Nílu, z ktorých takisto prevzala islam, ktorý je dodnes dominujúcim náboženstvom v severnej časti krajiny.

Okrem ríše Kanem to boli štáty Jorubov, beninská ríša a v 16. storočí songhajská ríša. Na konci 15. storočia ako prví prišli do Nigérie Portugalci a od polovice 19. storočia získali kontrolu nad pobrežnými štátmi krajiny Angličania. V porovnaní s ostatnými krajinami západnej Afriky však Nigéria nepociťovala taký zásadný vplyv Európy ako to bolo napríklad v Ghane alebo Senegale. Európania – najmä Briti – prichádzali sporadicky do Nigérie za účelom predaja zbraní, alkoholu alebo výmeny tovaru za otrokov. Boli to však práve Angličania, ktorí vyhlásili takmer nad celým pobrežím Nigérie protektorát (rok 1885) pod názvom Oil Rivers. Protektoráty, ktoré neskôr vznikali (napr. Severná a Južná Nigéria) boli v roku 1914 zlúčené do spoločného protektorátu a teda kolónie Nigérie. Niekoľkými ústavami prijatými najmä po druhej svetovej vojne si Nigéria snažila vymôcť väčšiu autonómiu. Boli to najmä ústava z roku 1946, ktorá rozdelila Nigériu na tri časti, ktoré korešpondovali s územím troch najväčších etník a ústava z roku 1954, ktorá z Nigérie vytvorila federáciu. Vytúženú nezávislosť sa jej podarilo získať 1.10.1960. 

Od vyhlásenia nezávislosti nigérijskú politiku a vládnu moc najviac zamestnávali etnické konflikty najmä medzi troma najväčšími nigérijskými etnikami, ktorými sú Hausovia/Fulbovia, Jorubovia a Igbovia. Etnické rozbroje idú v Nigérií ruka v ruke s konfliktami náboženskými, keďže každé z jednotlivých etník vyznáva iné náboženstvo. Kým na severe krajiny obývanom najmä kmeňom Hausov dominuje islam, juhovýchod ovládaný kmeňom Igbov vyznáva rímskokatolícke kresťanstvo. Tretie z veľkých etník Nigérie, kmeň Jorubov, sídliaci na juhozápade krajiny, zasa vyznávajú nielen anglikánsku odnož kresťanstva ale aj islam.

Nerovnosť v zásobách ropy medzi regiónmi a všadeprítomná korupcia a chudoba všetky tieto rozbroje ešte väčšmi vystupňovali. Aby Nigéria neutralizovala tieto rozvratné sily, rozdelila pôvodné tri regióny na 36 autonómnych štátov, čím oslabila moc veľkých etnických skupín a umožnila širšie rozdelenie vládnych úradov. Spravodlivejšie rozdelila príjmy medzi jednotlivé štáty, aby sa vyrovnali rozdiely v hustote zaľudnenia i v zásobách ropy. No aj tak sa etnické, náboženské a regionálne konflikty často menia na krvavé boje.

V roku 1967 sa odtrhol východný ibský región, čo viedlo k 30-mesačnej vojne o Biafru, v ktorej zahynulo 600 000 ľudí. Počas ropného boomu v 70. rokoch začali plynúť do pokladnice Nigérie miliardy dolárov za produkciu ropy najmä v delte Nigeru. V tomto čase bola Nigéria piatym najväčším producentom ropy na svete. Napriek tomu vzrastajúca korupcia na všetkých úrovniach vládnej moci pohltila väčšinu z týchto príjmov.

V roku 1974 vtedajší prezident Yakubu Gowon veľmi neprezieravo odložil sľúbený prechod k civilnej vláde. Keďže sa krajina zmietala v problémoch s vysokými cenami, chronickým nedostatkom základných surovín, rastúcou korupciou a neschopnosťou vlády vyriešiť určité kľúčové regionálne otázky, bolo len otázkou času kedy v krajine vypuknú nepokoje. Napriek tomu bol však Yakubu Gowon 29.7.1975 zvrhnutý tzv. nekrvavým pučom, pod vedením Murtala Ramata Mohammeda. Mohammed sa rýchlo pustil do riešenia otázok ktoré sužovali krajinu a ktorým sa tak vyhýbal predchádzajúci prezident Gowon. Presťahoval hlavné mesto z juhu - z kresťanského, Jorubami ovládaného Lagosu do centrálne lokalizovaného, etnicky zmiešaného Federálneho teritória hlavného mesta Abuja. Muhammedove reformy sa tešili extrémnej popularite medzi väčšinou Nigérijčanov.

V roku 1976 bol však zavraždený pri pokuse o prevrat, no napriek tomu jeho administratíva zostala pri moci. Jeho nástupcom sa stal Olusengun Obasanjo, ktorý pokračoval v Mohammedových reformách vrátane prechodu k civilnej vláde. V roku 1982 však skolaboval svetový trh s ropou a zanechal tak Nigériu v nelichotivej situácií. Situáciu využili armádni dôstojníci pod vedením Generála Muhammada Buhariho, ktorý sa po zvrhnutí prezidenta Shagariho sám ujal vlády. Ako sa to v Nigérií stalo zvykom aj Buhari bol v roku 1985 zvrhnutý a to generálom Ibrahimom Babangidom. Mnohí občania však boli znepokojení jeho uprednostňovaním severných regiónov, čo v mnohých prípadoch vyúsťovalo do náboženských stretov medzi kresťanmi a moslimami. Následne prevzal moc zvrhnutím Babangidu generál Sani Abacha. Stalo sa tak v roku 1993 kedy Abacha ihneď začal so zákazom takmer všetkých politických aktivít v krajine. V októbri 1995 však tento zákaz zrušil a prisľúbil prechod k civilnej vláde v roku 1998. Pokračoval však vo svojej politike prenasledovania disidentov čoho vyvrcholením bolo popravenie ogonijského aktivistu Keňa Sara-Wiwu za čo bola Nigéria vylúčená z OSN. Abachov režim väznil mnohých aktivistov medzi inými aj bývalého prezidenta Obasanja, bývalého viceprezidenta Shehu Musa Yar´Adua ale aj Moshooda Abiolu, ktorý bol zvolený v roku 1993 za prezidenta no po Abachovom puči sa do kresla nedostal. V roku 1998 však Abacha náhle zomiera na infarkt a jeho nástupcom sa stáva generál Abdulsalam Abubakar. Ten doviedol Nigériu k civilnej vláde vyhlásením slobodných demokratických volieb. Obrovským favoritom týchto volieb bol Moshood Abiola, no napriek tomu krátko po opustení väzenia takisto náhle zomiera. Vo voľbách konaných v roku 1999 teda víťazí Obasanjo čím končí militantná vláda trvajúca takmer 16 rokov. Vláda stála pred neľahkou úlohou reformovať ekonomiku založenú najmä na rope, ktorej zisky boli zneužívané najmä na nekalé praktiky ako korupcia či podvody. Prioritou Nigérie sa stalo zmiernenie dlhotrvajúceho etnického a náboženského napätia, ktoré narúša nielen ekonomickú ale aj politickú stabilitu krajiny. Napriek faktu že počas volieb v apríli 2003 boli zaznamenané určité neregulárne praktiky, Nigéria zažíva momentálne najdlhšie obdobie občianskej vlády od získania nezávislosti v roku 1960.

V roku 2006 sa Obasanjo pokúsil iniciovať zmenu ústavy aby si zabezpečil predĺženie svojho pôsobenia v úrade prezidenta. Tento pokus mu však nevyšiel a do prezidentského kresla zasadol Umaru Yar´Adua, ktorý získal takmer 70 percentnú podporu obyvateľstva. Všeobecné voľby ktoré sa konali v apríli 2007 boli medzinárodnými a nigérijskými pozorovateľmi označené ako neregulárne, no napriek tomu vydláždili cestu historicky prvému odovzdaniu moci druhej občianskej vláde.