V 11. storočí vládla v Marockom kráľovstve dynastia berberského pôvodu – Almorávidovci. V tej dobe rozšírili územie Maroka o rozsiahle časti severnej Afriky, ktorého súčasťou bola v tej dobe aj dnešná Západná Sahara. Od tohto momentu si Maroko uplatňuje historický nárok na územie. Na druhej strane hnutie POLISARIO, ktoré v súčasnosti bojuje za vznik samostatnej republiky na Západnej Sahare, tvrdí, že Almorávidovci vytvorili prekvitajúce centrum v Maroku a stratili akýkoľvek užší kontakt s arabsko – berberským obyvateľstvom žijúcim na území dnešnej Západnej Sahary.
V 15. storočí sa usadili na území dnešnej Západnej Sahary kmene prichádzajúce zo súčasného územia Jemenu, zmiešali sa s pôvodným obyvateľstvom a došlo k vzniku dnešného saharského národa. POLISARIO a jeho stúpenci tvrdia, že Saharania sa úplne odlišovali od svojich susedov v Maroku. Mali vlastné zvyky, žili kočovným životom a išlo o kmeňovo usporiadané spoločenstvo. Hoci POLISARIO priznáva, že isté kultúrne a náboženské kontakty medzi Marokom a Západnou Saharou existovali, kráľovstvo na severe vraj nikdy nevytvorilo pevnú vládu nad južnými provinciami.
V 16. storočí za vlády sultána Ahmad al-Mansoura si však Maroko upevnilo v okolitom regióne vládu, kedy sféra jeho vplyvu siahala až po územie dnešného Mali. Marocká strana v tomto prípade argumentuje, že si nad okolitými oblasťami Maroko zaistilo pevnú kontrolu vrátane južných provincií na Západnej Sahare. Vodcovia južných provincií museli sultánovi prisahať vernosť a on menoval sudcov, vládnych a vojenských úradníkov, ktorí mali vládnuť v južných provinciách. POLISARIO na druhej strane argumentuje, že išlo o formálnu, nie skutočnú nadvládu.
V 19. storočí však dochádza k ďalšej zmene, kedy na územie Maroka a Západnej Sahary začínajú prenikať Španieli a Francúzi. V roku 1912 zmluvou z Fezu si Francúzsko zaistilo kontrolu nad väčšinou marockého územia a Španielsko nad južnou časťou Maroka a jeho južnými provinciami na Západnej Sahare.
V roku 1973 bolo založené hnutie POLISARIO (španielsky Frente Popular de Liberación de Saguía el Hamra y Río de Oro, Ľudový front pre oslobodenie provincií Saguia el Hamra a Rio de Oro) bojujúce za vznik samostatnej Západnej Sahary. V roku 1975 došlo k podpisu Madridskej dohody, čím bolo územie Západnej Sahary rozdelené medzi Maroko a Mauretániu. Tu sa datuje vznik konfliktu o štatút územia Západnej Sahary. K POLISARIU, ktoré dodnes bojuje za nezávislosť, sa pridalo Alžírsko, čo má aj v súčasnosti za následok, že alžírsko – marocké vzťahy sú napäté. Od roku 1991 pôsobí na Západnej Sahare misia OSN MINURSO s cieľom udržať krehké prímerie medzi POLISARIO a marockou vládou.
V súčasnosti otázka konečného štatútu Západnej Sahary ostáva nevyriešená. Prispieva k tomu tiež nejasný postoj medzinárodného spoločenstva. Nezávislosť samostatnej republiky na Západnej Sahare, tzv. RASD (francúzsky République arabe sahraouie démocratique, Saharská arabská demokratická republika) je uznaná Africkou úniou od roku 1984. Tu však tiež samotné africké štáty majú rozdielny postoj, napríklad Senegal podporuje Maroko, pretože tiež čelí separatistickému konfliktu v oblasti Casamanca. OSN nezaujala zatiaľ pevné stanovisko. V lete 2007 však úspešne zorganizovala dve kolá rozhovorov medzi POLISARIOM a marockou vládou v New Yorku, čo sa považuje za istý pokrok. Dohoda však zatiaľ nebola dosiahnutá, keďže Maroko ako kompromis je ochotné ponúknuť iba obmedzenú autonómiu a POLSARIO s jednoznačnou podporou Alžírska ako jediné riešenie vidí referendum o nezávislosti, ktoré kráľovstvo odmieta ako narúčanie teritoriálnej integrity. Konflikt je naďalej prekážkou k budovaniu alžírsko – marockých vzťahov. Obe strany sa vzájomne obviňujú, že im ide len o vlastný prospech. Alžírsko obviňuje Maroko, že násilím anektovalo teritórium a ide mu len o využívanie nerastných zdrojov a bohatých lovísk rýb pobrežných vôd Západnej Sahary. Maroko zase argumentuje, že je to jeho historické územie a Alžírsko podporuje POLISARIO, aby získalo prístup k Atlantickému oceánu.
V 11. storočí vládla v Marockom kráľovstve dynastia berberského pôvodu – Almorávidovci. V tej dobe rozšírili územie Maroka o rozsiahle časti severnej Afriky, ktorého súčasťou bola v tej dobe aj dnešná Západná Sahara. Od tohto momentu si Maroko uplatňuje historický nárok na územie. Na druhej strane hnutie POLISARIO, ktoré v súčasnosti bojuje za vznik samostatnej republiky na Západnej Sahare, tvrdí, že Almorávidovci vytvorili prekvitajúce centrum v Maroku a stratili akýkoľvek užší kontakt s arabsko – berberským obyvateľstvom žijúcim na území dnešnej Západnej Sahary.
V 19. storočí však dochádza k ďalšej zmene, kedy na územie Maroka a Západnej Sahary začínajú prenikať Španieli a Francúzi. V roku 1912 zmluvou z Fezu si Francúzsko zaistilo kontrolu nad väčšinou marockého územia a Španielsko nad južnou časťou Maroka a jeho južnými provinciami na Západnej Sahare.
V súčasnosti otázka konečného štatútu Západnej Sahary ostáva nevyriešená. Prispieva k tomu tiež nejasný postoj medzinárodného spoločenstva. Nezávislosť samostatnej republiky na Západnej Sahare, tzv. RASD (francúzsky République arabe sahraouie démocratique, Saharská arabská demokratická republika) je uznaná Africkou úniou od roku 1984. Tu však tiež samotné africké štáty majú rozdielny postoj, napríklad Senegal podporuje Maroko, pretože tiež čelí separatistickému konfliktu v oblasti Casamanca. OSN nezaujala zatiaľ pevné stanovisko. V lete 2007 však úspešne zorganizovala dve kolá rozhovorov medzi POLISARIOM a marockou vládou v New Yorku, čo sa považuje za istý pokrok. Dohoda však zatiaľ nebola dosiahnutá, keďže Maroko ako kompromis je ochotné ponúknuť iba obmedzenú autonómiu a POLSARIO s jednoznačnou podporou Alžírska ako jediné riešenie vidí referendum o nezávislosti, ktoré kráľovstvo odmieta ako narúčanie teritoriálnej integrity. Konflikt je naďalej prekážkou k budovaniu alžírsko – marockých vzťahov. Obe strany sa vzájomne obviňujú, že im ide len o vlastný prospech. Alžírsko obviňuje Maroko, že násilím anektovalo teritórium a ide mu len o využívanie nerastných zdrojov a bohatých lovísk rýb pobrežných vôd Západnej Sahary. Maroko zase argumentuje, že je to jeho historické územie a Alžírsko podporuje POLISARIO, aby získalo prístup k Atlantickému oceánu.